В декабре 2003 года губернатор Краснодарского края Александр Ткачев потребовал отставки главы Сочи Леонида Мостового, за которого ранее сам призывал голосовать горожан. Мэру ставилась в вину неспособность решить кризис в ЖКХ. Градоначальник критику отверг, однако 29 декабря согласился на отставку в обмен на пост представителя края в Совете федерации.
В 2004-2005 годах в Краснодарском крае произошли еще два конфликта между губернатором и мэрами. Глава Краснодара Николай Приз был обвинен в злоупотреблениях и осужден на три года условно. Мэр Анапы Владимир Цуканов, также избранный по протекции господина Ткачева, покинул пост по собственному желанию после критики губернатора в связи с нарушениями в сфере торговли и услуг.
20 февраля 2006 года глава Якутска Илья Михальчук обвинил президента республики Михаила Штырова в том, что арест двух заместителей мэра является "политическим заказом". Причиной мэр назвал конфликт по поводу статуса и границ Якутска. Итогом противостояния стала отставка господина Михальчука в сентябре 2007 года, а в апреле 2008 года он стал главой Архангельской области.
9 июля 2007 года мэр Архангельска Александр Донской разместил на сайте мэрии видеоролик, в котором человек, похожий на губернатора Николая Киселева, берет взятку у человека, похожего на заместителя губернатора. 18 июля господин Донской был взят под стражу. Прокуратура пришла к выводу, что ролик был смонтирован, и теперь мэра подозревают в клевете. Кроме того за подделку диплома и незаконное предпринимательство он получил год лишения свободы условно.