Сотрудники Федеральной службы безопасности передали материалы проверки нарушений, выявленных в ходе реализации целевой программы ГЛОНАСС, в Следственный комитет РФ. Недостроенным зданием центра, строительство которого финансировалось из средств Федеральной целевой программы, ФСБ заинтересовалась в январе 2013 года.