Смена руководства в ВЭБе в феврале 2016 года привела к конфликту с частью трудового коллектива. Десятки сотрудников из прежней команды направили письмо премьеру Дмитрию Медведеву с жалобами на незаконные увольнения и невыплату вознаграждений за 2015 год. В ВЭБе обвинения отвергают и настаивают на законности своих действий. Эксперты называют ситуацию предсказуемой для масштабной трансформации организаций такого уровня, подчеркивая, что разбираться с нарушениями следует не правительству, а трудовой инспекции.