Автором идеи введения для школьников единого государственного экзамена был возглавлявший Минобразования в 1998–2004 годах Владимир Филиппов. По замыслу господина Филиппова такой экзамен должен был уничтожить коррупцию в школах и вузах и обеспечить эффективную проверку знаний выпускников. В 2001 году по решению правительства РФ эксперимент по введению ЕГЭ был проведен в пяти регионах: Чувашии, Марий-Эл, Якутии, Самарской и Ростовской областях. В 2002 году эксперимент прошел в 16 регионах, а в 2003 году — уже в 47. В 2004 году эксперимент признали успешным, после чего было принято решение сделать ЕГЭ обязательным.
В 2007 году приняты поправки к федеральному законодательству, установившие до 1 января 2009 года переходный период для введения ЕГЭ в полном объеме на всей территории России.
Процесс реформирования системы ЕГЭ начался практически сразу после ее введения. Так, уже после приемной кампании 2009 года ведомство пошло навстречу ректорам и ограничило до пяти число вузов, в которые абитуриенты могут подавать заявления по результатам ЕГЭ. В 2010 году вузы получили право устанавливать минимальный порог баллов не только по профильному, но и по всем остальным предметам. В 2011 году участникам ЕГЭ было запрещено «иметь при себе и использовать средства связи и электронно-вычислительной техники (в том числе калькуляторы)». Победителей школьных олимпиад ограничили в льготах: они могли поступать только в какой-то один вуз, а не в пять. В 2012 году было отменено бумажное свидетельство с результатами ЕГЭ. С 1 сентября 2013 года результаты ЕГЭ стали действительны не полтора года, а четыре года.