Повод для спора между ветвями судебной власти впервые возник в августе 2005 года — президиум Высшего арбитражного суда (ВАС) создал прецедент, позволивший арбитражным судам взыскивать убытки акционера не с регистратора, а с эмитента акций. На такое толкование закона "Об акционерных обществах" в Конституционный суд (КС) пожаловались "Газпром", "Газпром нефть", "Оренбургнефть" (входит в ТНК-ВР) и Сбербанк. Их жалобы КС планирует рассмотреть в ближайшее время. Председатель ВАС Антон Иванов, впрочем, в интервью "Ъ" утверждал, что КС "не может пересматривать нашу практику, таких полномочий Конституция ему не предоставляет".
10 апреля 2008 года пленум ВАС ограничил применение в налоговых делах конфискационного механизма, предусмотренного ст. 169 Гражданского кодекса (ГК). После этого Федеральная налоговая служба обратилась за разъяснениями в КС, ссылаясь на то, что в 2004 году КС подтвердил право налоговиков подавать иски по ст. 169 ГК. Накануне VII Всероссийского съезда судей, состоявшегося 2 декабря 2008 года, Антон Иванов в интервью "Ъ" допустил, что могут существовать две правовые позиции, и предложил обществу решить, "чья позиция является более адекватной". В ответ Валерий Зорькин, выступая на съезде, призвал суды к "конституционной сдержанности". В конце декабря 2008 года КС отказался давать заключение по запросу налоговиков — сделать это позволила формулировка запроса. В мае нынешнего года Валерий Зорькин в интервью "Ъ" назвал это деликатным выходом из "не очень удобной ситуации", не исключив, что КС в дальнейшем может рассмотреть вопрос о ст. 169 ГК по существу.
Недавно Верховный суд РФ предложил также существенно реформировать систему судов общей юрисдикции, в том числе изменить систему надзорного производства. Соответствующий законопроект подготовлен только сейчас, хотя КС еще 5 февраля 2007 года постановил, что необходимо на законодательном уровне привести институт надзора в соответствие с международно-правовыми стандартами.