О совместном намерении построить в 2010 году в Санкт-Петербурге офисный комплекс для структур "Газпрома" его глава Алексей Миллер и губернатор Валентина Матвиенко объявили в ноябре 2005 года. Для строительства правительство Петербурга выделило "Газпрому" участок площадью 1,5 га прямо напротив Смольного на берегу Невы.
Первый скандал вокруг "Газпром-Сити" разразился в июле 2006 года, когда "Газпром" и Смольный без согласования с органами охраны культурного наследия объявили конкурс на архитектурный проект 300-метровой башни, проигнорировав действовавший на тот момент высотный регламент, запрещавший строительство на выбранном месте выше 48 м. Против выступили представители общественности, которые указывали, что небоскреб, в два раза выше шпиля Петропавловской крепости и в три раза — купола Исаакиевского собора, разрушит облик города. Конкурс выиграла малоизвестная компания — британская RMJM. Сразу после этого представители оппозиции инициировали проведение референдума против строительства небоскреба. В феврале 2007 года представители Центра всемирного наследия ЮНЕСКО впервые заявили, что в случае реализации проекта Санкт-Петербург может попасть в черный список объектов всемирного наследия, находящихся под угрозой. В ответ городские власти начали разрабатывать новые градостроительные правила, позволяющие нарушить высотный регламент.
В результате тема протеста против небоскреба "Газпрома" превратилась в одно из знамен петербургской оппозиции. Под лозунгом протеста против градостроительной политики Смольного с 2007 года в Петербурге регулярно проходили массовые митинги и "Марши несогласных".
Кульминацией скандала стали проведенные с участием ОМОНа публичные слушания по проекту принятого правительством города постановления, разрешавшего строить на участке "Охта-центра" 400-метровый небоскреб. В итоге российские суды, а также Страсбургский суд оказались завалены жалобами градозащитников, а министр культуры Александр Авдеев направил в прокуратуру заключение Росохранкультуры, в котором говорилось о том, что городские власти нарушили закон, согласовав строительство башни на месте археологического памятника "Ниеншанц".