Современные органы прокуратуры сформированы на основе федерального закона "О прокуратуре Российской Федерации", принятого в январе 1992 года. В нем, в частности, был упразднен надзор за исполнением законов гражданами, введен запрет на вмешательство прокуратуры в хозяйственную деятельность.
Поправками от февраля 1999 года прокуратуре были предоставлены полномочия по надзору за соблюдением Конституции и за исполнением законов судебными приставами. Прокурорам также вернули существовавшее ранее право объявлять должностным лицам предостережение о недопустимости нарушения закона. В 2002 году органы также получили право выносить предупреждение для предотвращения преступлений экстремистской направленности.
1 июля 2002 года вступил в силу новый Уголовно-процессуальный кодекс, который лишил прокуратуру права санкционировать аресты, обыски, прослушивание телефонных переговоров и прочие следственные действия. Если раньше прокуратура руководила дознанием и следствием, контролировала их, то теперь за ней остались лишь общие функции надзора за ними, а также поддержание обвинения.
В июне 2007 года был принят закон о создании следственного комитета при прокуратуре РФ, лишавший прокуроров права на следствие. Руководитель нового ведомства, оставаясь номинально первым заместителем генпрокурора, получал свободу действий как в кадровой политике, так и в расследовании дел. В январе 2011 года следственный комитет был выделен из органов прокуратуры и стал самостоятельным.
В июле 2009 года в рамках реализации президентских инициатив по борьбе с коррупцией на прокуратуру возложили обязанности по антикоррупционной экспертизе правовых актов и уполномочили требовать от органов власти устранения коррупционных факторов. С июля 2010 года ей также поручен надзор за соблюдением законодательства при осуществлении общественного контроля за соблюдением прав человека в тюрьмах. В ноябре 2011 года прокуратура получила право возбуждать дела об административных правонарушениях и проводить административное расследование.