Первый спутник Глобальной навигационной спутниковой системы (ГЛОНАСС) был выведен на орбиту в 1982 году. Штатного состава в 24 аппарата система достигла в 1995 году, но к 2001 году работали только восемь. В 2001 году была утверждена ФЦП на 2002-2011 годы, направленная на развертывание и поддержание ГЛОНАСС. Первоначально программа должна была обойтись бюджету в 23,6 млрд руб., но в итоге стоила почти в пять раз дороже — 113,8 млрд руб. В 2012-2020 годах на ГЛОНАСС планируется потратить еще 346,6 млрд руб.
В 2006-2009 годах в работе спутников ГЛОНАСС неоднократно происходили неполадки, после которых аппараты выводились на техобслуживание. В июне 2010 года тогдашний глава Роскосмоса Анатолий Перминов обещал, что полное развертывание ГЛОНАСС завершится до конца года. Однако это произошло только в декабре 2011 года.
18 июля 2010 года ракета-носитель "Протон-М" при перевозке попала в железнодорожную аварию, из-за чего запуск трех спутников ГЛОНАСС-М, запланированный на 2 сентября, был отложен. Запуск состоялся 5 декабря, однако в результате неправильной заправки разгонного блока ракеты-носителя спутники упали в Тихий океан. Ущерб тогда оценили в 2,5 млрд руб., позже Следственный комитет (СК) увеличил его до 4,3 млрд руб. При этом выяснилось, что аппараты были застрахованы в небольшой московской фирме "Страховой центр "Спутник"" с активами всего в 90 млн руб., возглавляемой сыном бывшего замглавы Роскосмоса Дмитрием Медведчиковым.
После этой аварии были уволены замглавы Роскосмоса Виктор Ремишевский, а также вице-президент и главный конструктор РКК "Энергия" Вячеслав Филин. Господин Перминов сперва получил выговор, а в апреле 2011 года после ряда других ЧП потерял пост. Тогда же президент Дмитрий Медведев поручил Генпрокуратуре и контрольному управлению своей администрации найти ответственных за потерю спутников и проверить эффективность расходования средств на ГЛОНАСС. Материалы проверки были переданы в СК, который в мае 2011 года возбудил уголовное дело по статье "Халатность".
В апреле 2012 года новый глава Роскосмоса Владимир Поповкин заявил, что в ОАО "Российские космические системы" (РКС) выявлены факты отмывания денег через фирмы-однодневки, аффилированные с руководством компании. 10 июля стало известно, что МВД возбудило уголовное дело о нецелевом расходовании более 565 млн руб. В ноябре стало известно, что объем хищений в РКС может достигать 6,5 млрд руб.