Согласно указу президента России Владимира Путина от 13 октября 2004 года, Министерство юстиции России занимается выработкой и реализацией государственной политики и нормативно-правового регулирования в законодательной сфере, а также в сфере исполнения уголовных наказаний, адвокатуры и нотариата, обеспечения установленного порядка деятельности судов и исполнения судебных актов, регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним, регистрации общественных объединений, религиозных организаций и политических партий.
В подчинении министра юстиции четверо заместителей (включая статс-секретаря). В структуру ведомства входят девять департаментов и три федеральные службы (Федеральная служба исполнения наказаний, Федеральная регистрационная служба, Федеральная служба судебных приставов), а также Государственная регистрационная палата, Научный центр правовой информации, Российский федеральный центр судебной экспертизы, госучреждение "Федеральное агентство по правовой защите результатов интеллектуальной деятельности военного, специального и двойного назначения" и Российская правовая академия. В бюджете 2006 года на финансирование самого Минюста выделено 2 млрд руб., ФСИН — 86 млрд, ФРС — 15,7 млрд, ФССП — 14,4 млрд. Таким образом, теперь Владимир Устинов сможет распоряжаться бюджетом в 118,1 млрд руб. (это в 3,75 раза больше бюджета Генпрокуратуры, который составляет 31,5 млрд руб.).
Предельная численность центрального аппарата Минюста установлена в 590 штатных единиц, территориальных органов — 1351. В штате ФСИН 356,7 тыс. человек, ФРС — больше 27 тыс., ФССП — более 46 тыс. В результате у Владимира Устинова теперь 431 641 подчиненных (в 7,85 раза больше, чем в органах прокуратуры).
Кроме того, в ведении министра юстиции находятся 853,8 тыс. человек, содержащихся в пенитенциарных учреждениях — 765 колониях, 209 следственных изоляторах и 7 тюрьмах.