Первое в российской истории падение "Протона-К" произошло 27 мая 1993 года. Из-за неполадок во второй ступени ракета-носитель не смогла вывести на расчетную орбиту российский телекоммуникационный спутник "Горизонт-39".
16 ноября 1996 года "Протон-К" с разгонным блоком Д-2 вывел на околоземную орбиту российскую межпланетную станцию "Марс-96" стоимостью $300 млн. Из-за неполадок в разгонном блоке станция вскоре сошла с орбиты и упала в Тихий океан.
5 июля 1999 года плохая сварка шва крышки турбонасосного агрегата на одном из четырех двигателей второй ступени ракеты "Протон-К" привела к падению военного спутника связи "Радуга-1" и обострению российско-казахских отношений. Обломки ракеты, упавшие в Карагандинской области Казахстана, угодили во двор частного дома. Астана запретила на два месяца все запуски "Протонов", пока ей не возместили $271 тыс. экологического и материального ущерба.
27 октября 1999 года еще один спутник связи "Экспресс-А1", запущенный "Протоном-К", рухнул на Карагандинскую область. У ракеты отказал первый маршевый двигатель. Астана получила $407 тыс. компенсации.
28 февраля 2006 года из-за аварии разгонного блока "Бриз-М" ракете "Протон-М" не удалось доставить на заданную орбиту арабский спутник связи ArabSat-4A.
6 сентября 2007 года ракета "Протон-М" вместе с японским спутником связи JCSat-11 после неудачного запуска упала в 40 км от казахского города Жезказган, залив его окрестности высокотоксичным топливом. В этот день в городе находился казахский президент Нурсултан Назарбаев. На этот раз Казахстан потребовал от России $60,7 млн. Причиной аварии стал отказ рулевых машин второй ступени.
15 марта 2008 года ракета "Протон-М" не смогла вывести на орбиту американский спутник связи AMC-14. Авария произошла из-за отказа двигателя разгонного блока "Бриз-М".