Родился 8 января 1962 года в поселке Холмский Краснодарского края. В 1984 году окончил Ленинградский институт советской торговли, в 2001-м — юридический факультет Санкт-Петербургского университета.
В 1984-1985 годах проходил срочную службу в армии, окончил офицерские курсы и был уволен офицером запаса. С 1985 года работал заместителем заведующего секцией, заведующим секцией магазина #3 "Ленмебельторга" (Ленинград). В 1991 году назначен замдиректора по коммерческой работе "Ленмебельторга". После преобразования предприятия в том же году в ОАО "Санкт-Петербургская промышленная компания" стал его генеральным директором. С 1993 года — замдиректора, директор по маркетингу, гендиректор АО "Мебель-Маркет" (Санкт-Петербург). В октябре 2000 года назначен заместителем руководителя межрайонной инспекции Министерства по налогам и сборам (МНС) по работе с крупнейшими налогоплательщиками Санкт-Петербурга. С июня 2001 года заместитель руководителя управления МНС по Санкт-Петербургу (управление возглавлял нынешний руководитель Федеральной службы по финансовому мониторингу Виктор Зубков). В ноябре 2001 года господин Сердюков сменил господина Зубкова на посту главы петербургского управления МНС. С февраля 2004 года руководитель управления МНС по Москве. 4 марта 2004 года назначен заместителем министра по налогам и сборам, с 14 марта — и. о. министра. 27 июля 2004 года стал руководителем Федеральной налоговой службы (входит в структуру Министерства финансов).
Кандидат экономических наук (тема диссертации — "Концепция и системная организация процесса формирования предпринимательских структур, ориентированных на потребителя"). По данным СМИ, женат на дочери Виктора Зубкова.