В ноябре 2007 года Генпрокуратура попыталась добиться изъятия у созданного месяцем ранее следственного комитета (СК) права расследования преступлений небольшой и средней тяжести (60% всех дел). В декабре заместитель генпрокурора Виктор Гринь поручил провести полную проверку комитета, которую его глава Александр Бастрыкин назвал поиском компромата.
Одновременно Генпрокуратура начала заступаться за двух нерядовых подследственных — сотрудника ФСКН Александра Бульбова (в итоге получил условный срок) и заместителя министра финансов Сергея Сторчака (дело закрыто за отсутствием события преступления).
31 января 2008 года генпрокурор Юрий Чайка объявил о выявлении 23 тыс. случаев необоснованных отказов следователей в возбуждении уголовных дел. Позже представители обоих ведомств не раз указывали на недостатки в работе друг друга. В частности, в марте 2010 года генпрокурор заявил о выявлении свыше 350 тыс. нарушений в работе следственных органов.
12 мая 2008 года господин Бастрыкин возобновил дело в отношении первого заместителя генпрокурора Александра Буксмана, обвинявшегося в превышении полномочий. В июне 2008 года Юрий Чайка отменил распоряжение главы СК.
В декабре 2009 года Александр Буксман, исполнявший обязанности генпрокурора, уволил главу следственного управления СК по Москве Анатолия Багмета "за нарушение присяги". Вернувшийся из командировки Юрий Чайка отменил этот приказ. Он поручил принять кадровое решение господину Бастрыкину, который в августе 2010 года повысил господина Багмета до заместителя руководителя главного управления криминалистики СК.
23 сентября 2010 года президент Дмитрий Медведев поддержал давнюю идею Александра Бастрыкина, объявив о создании самостоятельного следственного комитета и выводе его из подчинения Юрия Чайки.
14 февраля 2011 года СК возбудил дело об организации в Московской области сети подпольных казино, фигурантами которого стали работники прокуратуры. Несмотря на неоднократные попытки Генпрокуратуры закрыть дело, его расследование продолжается.