25 июля 1996 года в Волгограде взрывом разрушен хвостовой вагон пассажирского поезда, прибывшего из Астрахани. Бомба взорвалась после того, как пассажиры покинули состав. 12 августа 1996 года на станции под тем же поездом взорвалась бомба, погиб один человек, восемь ранены.
3 сентября 2003 года около Ессентуков под вагоном электропоезда Кисловодск--Минводы сработали два взрывных устройства. 6 человек погибли, 39 ранены. 29 июня 2004 года Ставропольский краевой суд приговорил организатора теракта Ибрагима Исрапилова к 20 годам колонии.
5 декабря 2003 года в электричке Кисловодск--Минводы у Ессентуков взорвался смертник. Погибли 47 человек, 233 были ранены. Заказчиком теракта объявили Шамиля Басаева.
12 июня 2005 года в 150 км от Москвы на пути поезда Грозный--Москва произошел взрыв. Локомотив и два следующих за ним вагона сошли с рельсов. Девять пассажиров были госпитализированы. В теракте обвинили двух националистов, которые получили 18 и 19 лет тюрьмы.
13 августа 2007 года в результате подрыва железнодорожного полотна сошел с рельсов поезд "Невский экспресс" Москва--Санкт-Петербург. В результате травмы получили 60 человек. В январе 2010 года Новгородский облсуд приговорил подозреваемых в этом теракте уроженцев Ингушетии Макшарипа Хидриева и Саламбека Дзахкиева к четырем и десяти годам соответственно за незаконный оборот взрывчатки и разбой, оправдав по статье "Терроризм". Предполагаемый организатор теракта Павел Косолапов объявлен в розыск.
27 ноября 2009 года "Невский экспресс" вновь потерпел крушение из-за взрыва на границе Тверской и Новгородской областей. Погибли 28 человек, ранения получили 95. В марте 2010 года в ингушском селе Экажево было задержано десять членов бандгруппы, подозреваемых в совершении преступления. Им предъявлены обвинения в терроризме, участии в незаконном вооруженном формировании и незаконном обороте оружия. Организаторы теракта, в том числе боевик Саид Бурятский, были уничтожены.