21 сентября 2002 года Александр Савенков заявил, что Анатолию Кудякову, командиру полка, к которому был приписан вертолет Ми-26, сбитый 19 августа под Ханкалой, предъявлено обвинение в нарушении правил полетов и халатности. 5 ноября 2003 года офицер приговорен Ростовским гарнизонным судом к трем годам и амнистирован, а вскоре оправдан судом СКВО.
11 ноября 2002 года кадровый разведчик полковник Александр Сыпачев признан виновным Московским окружным военным судом в покушении на госизмену и приговорен к восьми годам. Представлявший обвинение Александр Савенков опротестовал приговор, посчитав, что действия разведчика являются не "покушением на госизмену", а "госизменой". 11 февраля 2003 года Верховный суд оставил приговор в силе.
В декабре 2002 года Александр Савенков опротестовал амнистию, которая была применена 29 апреля 2002 года Московским окружным военным судом к бывшему главному финансисту Минобороны генерал-полковнику Георгию Олейнику по делу, связанному с превышением должностных полномочий при перечислении на Украину $450 млн. 26 ноября 2003 года протест был отклонен, вместе с тем Георгий Олейник остался под стражей, так как ГВП завела на него еще одно уголовное дело. 31 мая 2005 года Коломенский горсуд освободил его условно-досрочно.
10 января 2003 года ГВП опротестовала решение военного суда СКВО, вынесшего оправдательный приговор полковнику Юрию Буданову. Это решение было поддержано Александром Савенковым. В результате 25 июля 2003 года военный суд СКВО признал Юрия Буданова виновным в убийстве чеченки Эльзы Кунгаевой и приговорил к десяти годам тюрьмы.
В конце августа 2003 года прокурор Савенков вместе с министром обороны Сергеем Ивановым посетил Северный флот, после чего от командования СФ был отстранен адмирал Геннадий Сучков. 18 мая 2004 года Северный морской военный суд приговорил адмирала к четырем годам лишения свободы условно.
29 апреля 2004 года господин Савенков раскритиковал оправдательный вердикт присяжных по делу группы спецназа ГРУ, руководимой капитаном Эдуардом Ульманом, обвинявшейся в убийстве шестерых мирных чеченцев. "Несмотря на очевидность и доказанность преступления, присяжные сочли всех подсудимых невиновными",— заявил он. Приговор был опротестован, но 19 мая 2005 года присяжные вновь оправдали спецназовцев.
В сентябре 2004 года ГВП вызвала на допрос украинского политика Юлию Тимошенко, но та на допрос не явилась и была объявлена в международный розыск по линии Интерпола. В феврале 2005 года госпожа Тимошенко назначена премьером Украины, однако 24 мая 2005 года господин Савенков заявил, что она по-прежнему объявлена в розыск, а дело по обвинению ее в даче взяток офицерам Минобороны РФ не закрыто.